این صندوق به منظور تجاری سازی نوآوری ها و اختراعات، کاربردی نمودن دانش و دستاوردهای پژوهشی و تکمیل زنجیره ایده/ محصول/بازار از شرکت های دانش بنیان پشتیبانی و حمایت کرده و خدمات مالی و اعتباری از جمله کمک، تسهیلات و مشارکت برای آنها تامین می نماید.به طور کلی هدف نهایی صندوق نوآوری و شکوفایی به عنوان یک نهاد توسعه ای کمک به رونق اقتصادی کشور از طریق حوزه های دانش بنیان و فناوری های برتر می باشد.